La agresión armenia en Nagorni Karabaj en los años 1992-1993 se hacía más intensivos. La actitud dura de la dirección de Azerbayán en aquel período a cualquier participación de las organizaciones internacionales, en particular de Rusia y la CEI, en el arreglo de este conflicto ha puesto Azerbayán ante la presión potente política militar.

La infructuosidad de las resoluciones de la ONU, la incapacidad del grupo de Minsk de la OSCE dar los pasos reales del fin del año 1993 han servido de causa de la activación de la actividad del gobierno de Heydar Aliyev dirigida a Rusia y la CEI. Pero Heydar Aliyev, manifestando la precaución, no ha relacionado el ingreso de Azerbayán en septiembre del año 1993 en la CEI con el adhesión al sistema de la seguridad colectiva de esta estructura. La participación en este contrato ha podido poner bajo la duda el hecho de la no participación del ejército extranjero en el territorio de Azerbayán, a que el Occidente atribuía en aquel tiempo la importancia especial.

La renuncia de la participación en la actividad militar de la CEI aunque ha creado más tarde las dificultades para el gobierno de Heydar Aliyev en las relaciones con Rusia, él ha conseguido los resultados ciertos con esta estructura en el conflicto de Nagorni Karabaj.

Ante todo, los primeros encuentros directos de los jefes de los estados de Azerbayán y Armenia tenían lugar en el marco de esta organización. El encuentro primero en diciembre del año 1993 no dio ningunos resultados.

El 15 de abril del año 1994 en la sesión de Moscú del Consejo de los Jefes de los Estados de la CEI el Presidente de Azerbayán Heydar Aliyev, a pesar de los esfuerzos de Armenia, pudo influir en la aceptación de uno de sus proposiciones del conflicto de Nagorni Karabaj. A pesar de que sus proposiciones de la apreciación de la agresión de Armenia, la retirada de las fuerzas armadas, la aceptación de las sanciones no fueron aceptadas, fue aceptada la Declaración de la CEI de la soberanía, la integridad territorial y la inviolabilidad de las fronteras.

El encuentro de los ministros de defensa de Azerbayán, Armenia y Rusia el 18 de febrero de este año, la visita del presidente del grupo de Minsk de la OSCE Yan Eliasson a Azerbayán y Armenia en marzo, el encuentro de los presidentes de los parlamentos de Azerbayán y Armenia, las negociaciones con el representante especial del Presidente de la Federación de Rusia Vladimir Kazimirov, la visita del grupo pacificador de la Asamblea Interparlamentaria de la CEI fueron en el sentido determinado los pasos que llevaban a la firma de esta declaración.

El paso principal eficaz en el conflicto de Nagorni Karabaj fue la declaración el 12 de mayo del año 1994, un mes después de la declaración de Heydar Aliyev el 15 de abril del año 1994, del régimen del alto el fuego entre Azerbayán y Armenia por medio de la firma del acuerdo, nombrado como el protocolo de Bishkek. Durante el período del régimen del alto el fuego, que hasta ahora ha sido observado a excepción de los tiroteos fronterizos, además del proceso de Minsk de la OSCE, los jefes de dos estados realizaron las negociaciones en el marco de los encuentros de los jefes de los Estados de la CEI.

El 26 de agosto del año 2005 en el encuentro de Kazan de los jefes de los estados de la CEI aunque después de las negociaciones entre Ilham Aliyev y Kocharyan aparecieron unas esperanzas, pero en la etapa de Rambue ellos no se realizaron. Heydar Aliyev en su declaración del 15 de abril del año 1994 señaló uno de las causas posibles de la infructuosidad: "La República de Armenia se opone a cualesquiera proposiciones constructivas, adelantando las condiciones de antemano inaceptables. Sus condiciones consisten en la aspiración de la República de Armenia que ha creado el campo de operaciones militares en el territorio de Azerbayán, cambiar los territorios ocupados en el estatuto del Estado independiente para Nagorni Karabaj, es decir en realidad dividir la República de Azerbayán".