Azerbaycan ve Yunanistan arasında diplomatik ilişkiler 1992 yılının nisan ayında kuruldu. Yunanistan'ın Azerbaycan büyükelçiliği 27 Mayıs 1993'te, Azerbaycan'ın Yunanistan Büyükelçiliği 16 Nisan 2004'te faaliyete başladı.

1994-2004 yıllarında iki ülke arasında ekonomi, sanayi, teknoloji, enerji, bilim, eğitim, kültür, ulaştırma, yatırımların korunması, gümrük alanında sözleşmeler imzalandı.

Çeşitli dönemlerde Azerbaycan'ı ziyaret eden Yunanlı bakanlar Ermenistan-Azerbaycan Dağlık Karabağ sorununda BM kararlarının uygulanmasını, her hangi ülkenin topraklarının işgaline karşı olduklarını belirtmişlerdi.

Yunanistan-Azerbaycan ilişkileri Karadeniz Ekonomik İşbirliği Örgütü, Avrupa Birliği çerçevesinde de gelişiyor.

18 Haziran 2003 senesinde Azerbaycan Cumhurbaşkanı Haydar Aliyev, Yunanistan Dışişleri Bakan Yardımcısı IoannisMagriotis'i kabul etti. Görüşme sırasında Haydar Aliyev bildirdi ki, Yunanistan, Avrupa Birliği dönem başkanlığı yaptığı sırada Kafkasya ülkeleri, keza Azerbaycan ile çok verimli ilişkiler kurdu. Kafkasya ülkelerinde, keza Azerbaycan'daki yoğun faaliyetini çok takdirle karşılayan Haydar Aliyev ileride de tüm alanlarda işbirliği yapmaya hazır olduğunu belirtti. Magriotis ise konuşmasında şunu söyledi: "Sayın Cumhurbaşkanı, sizin de belirttiğiniz üzere, Yunanistan Avrupa Birliği'ne dönem başkanlığı yaptığı sırada Kafkasya ülkeleri konusunu ilk defa Avrupa Birliği gündemine taşıdı. Bu süre zarfında Irak'ta yaşanan olayalrın çok zaman almasına ve işlerimizin yoğunluğunu etkilemesine rağmen biz, geçtiğimiz dönemde bir dizi çalışmaların yapıldığını düşünüyoruz. Sizin ilginize sunmak isterim ki, Avrupa Birliği'nin Güney Kafkasya Özel Temsilcisi bizim başkanlık döneminde atandı".

İlham Aliyev, cumhurbaşkanı seçildikten sonra Azerbaycan-Yunanistan ilişkileri daha hızlı gelişmiştir. Azerbaycan-Yunanistan ilişkilerinin bir göstergesi olarak Yunanistan Cumhurbaşkanı Konstantinos Stefanopulos 20-22 Haziran 2004 tarihleri arasında Azerbaycan'a resmi ziyarette bulunmuştur. Resmi karşılama töreninin ardından Azerbaycan Cumhurbaşkanı İlham Aliyev ve Yunanistan Cumhurbaşkanı Konstanitos Stefanopulos başbaşa görüşme yapmışlar. Cumhurbaşkanı İlham Aliyev, üst düzey konuğu içtenlikle selamlayarak, onun ziyaretinin ikili ilişkilerin derinleşmesinde yeni bir aşama olacağını vurgulamıştır. İlham Aliyev, Azerbaycan-Yunanistan ilişkilerinin gelişmesi konusunda Milli Lider Haydar Aliyev'in politikasını sürdüreceğini ifade etmiştir.

Azerbaycan'a resmi ziyarete daveti ettiği için ve üstün konukseverlikten dolayı cumhurbaşkanımıza teşekkür eden Yunanistan Cumhurbaşkanı Konstantinos Stefanopulos, ikili ilişkilerin pekiştirilmesi ve ülkelerimiz arasında daha geniş bir işbirliğinin sağlanması için olanaklar bulunduğunu söylemiştir.

Aynı gün Yunanistan Cumhurbaşkanı'na Bakü Slavyan Üniversitesi'nin fahri doktora unvanı verilmiş, bunun yanı sıra cumhurbaşkanı Çağdaş Yunan Dili ve Kültür Merkezinin açılışına katılmıştır. Yunanistan Cumhurbaşkanının ziyareti sırasında Azerbaycan Cumhuriyeti hükümeti ve Yunanistan Cumhuriyeti Hükümeti arasında yatırımların karşılıklı teşviki ve korunması, uluslararası oto taşımacılığı ve gümrük alanında karşılıklı yardımlarla ilgili sözleşmeler imzalanmıştır.

12 ve 19 Ağustos 2004 tarihleri arasında Azerbaycan Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı İlham Aliyev, Atina'da düzenlenen 28.Yaz Olimpiyat Oyunlarının açılış törenine katılmak için Yunanıstan'ı ziyaret etmiştir. 13 Ağustos'ta Azerbaycan Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı İlham Aliyev ve eşi Mihrban Aliyeva törene gelerek Yunanistan Cumhurbaşkanı Konstantin Stefanopulos'un 120 ülkenin devlet ve hükümet başkanları onuruna verdiği yemeğe katılmışlar. 15 Ağustos'ta 28.Yaz Olimpiyat oyunları kapsamında "Azerbaycan günü" yapılmıştır. İlham Aliyev 16 Ağustos'ta Yunanistan Başbakanı Kostas Karamanlis ile bir araya gelmiştir. Görüşmede Azerbaycan-Yunanistan ilişkilerinin şuanki durumuna değinen İlham Aliyev, ekonomik ilişkilerin, bilhassa enerji ve diğer alanlarda işbirliğinin başarılı bir şekilde gelişmesinden memnunluk duyduğunu ifade etmiştir.

Azerbaycan Cumhurbaşkanı İlham Aliyev, Atina ziyareti sırasında 18 Ağustos'ta Yunanistan Turizm Bakanı Dimitris Avramopoulos ile görüşmüştür. İçten bir ortamda yapılan görüşmede Azerbaycan Cumhurbaşkanı Atina'da 28.Yay Olimpiyat oyunlarının mükemmel bir düzeyde organize edildiğini belirterek Yunanistan Hükümetinin sorumluluk gerektiren bu çalışmada etkin faaliyetinin altını çizmiştir. Ülkelerimiz arasında ikili ilişkilerden bahs eden Cumhurbaşkanı İlham Aliyev ekonomik ilişkilerin geliştirilmesinin önemini belirtmiştir. Turizm alanında geniş olanakları bulunan Yunanistan'ın bu perspektifli alanda cumhuriyetimizle işbirliğini hatırlatan devlet başkanımız, Azerbaycan'ın da kısa sürede dünyanın önde gelen turizm ülkelerinden biri olacağına umut ettiğini bildirmiştir.

Sayın Avramopoulos, Azerbaycan'da devletin spor ve turizmin gelişmesine gösterdiği özeni çok takdir etmiştir. Yunanlı bakan, Uluslararası Turizm Örgütünün son dönemlerde Azerbaycan'a ilgisinin arttığını da bilhassa vurgulamıştır.

16-18 Şubat 2009 tarihleri arasında Azerbaycan Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı İlham Aliyev tekrar Yunanistan'ı ziyaret etmiştir. Ziyaretin ilk günü Azerbaycan Cumhruiyeti Cumhurbaşkanı İlham Aliyev ve Yunanistan Cumhurbaşkanı Karolos Papulias ile bir araya gelmiştir. Görüşmede, ülkelerimiz arasında politika, ekonomi ve enerji alanlarında ilişkilerin gelişmesinden duyulan memnunluk ifade edilmiş ve bu gezinin karşılıklı ilişkilerin yaygınlık kazanması bakımından önemi vurgulanmıştır.

Kapsamlı görüşmenin ardından Cumhurbaşkanları İlham Aliyev ve Karolos Papulias'ın katılımı ile Azerbaycan ve Yunanistan arasında belgelerin imza töreni yapılmıştır. Törende Azerbaycan Cumhuriyeti Hükümeti ve Yunanistan Cumhuriyeti Hükümeti arasında gelir ve emlak konusunda çifte vergilendirmenin önlenmesiyle ilgili sözleşme, hava ulaşımına ilişkin sözleşme, iletişim ve komünikasyon teknolojileri alanında işbirliğinine yönelik sözleşme, Azerbaycan Cumhuriyeti Sanayi ve Enerji Bakanlığı ve Yunanistan Cumhuriyeti Kalkınma Bakanlığı arasında yeniden işlenen enerji kaynakları ve enerji vermliliği alanında sözleşme metni imzalanmıştır.

17 Şubat 2009 senesinde Cumhurbaşkanı İlham Aliyev Atina'da Azerbaycan-Yunanistan iş forumuna katılmıştır. Atina'da "Ticari işbirliğinin olanakları" konulu Azerbaycan-Yunanistan iş forumu yapılmıştır. Azerbaycan Cumhurbaşkanı İlham Aliyev ve Yunanistan Cumhrubaşkanı Karolos Papulias, bu ülkenin Başbakanı Kostas Karamanlis iş forumunun açılışına katılmışlar.

Azerbaycan Cumhurbaşkanı iş forumunda bir konuşma yapmıştır. İş forumunda iki ülkedeki iş olanakları ve yatırım ortamına ilişkin tanıtımlar, şirketlerin temsilcileri arasında ikili görüşmeler yapılmıştır.

Aynı gün Cumhurbaşkanı İlham Aliyev Atina'da Yunanistan Başbakanı Kostas Karamanlis ile bir araya gelmiştir. Görüşmede iki ülke arasında ilişkilerin genişlemesinden dolayı memnunluk ifade edilmiş, ekonomi alanında, özellikle, enerji alanında işbirliğinin önemi vurgulanmıştır. Azerbaycan Cumhurbaşkanı'nın Yunanistan ziyaretinin karşılıklı ilişkilerin yaygınlık kazanması bakımından önemi belirtilmiş, Azerbaycan-Yunanistan iş forumunun somut alanlarda iş ilişkilerinin sağlanmasına katkıda bulunacağı bildirilmiştir. İki ülke arasında imzalanan belgelerin ekonomi ve diğer alanlarda işbirliği için hukuksal temel oluşturduğu vurgulanmıştır. Görüşmede karşılıklı ilişkilerin bundan böyle daha geniş alanları kapsayacağı konusunda kararlılık ifade edilmiştir.