Die Entstehung der Beziehungen zwischen Aserbaidschan und der NATO fing mit der Aufnahme Aserbaidschans in den Nordatlantischen Kooperationsrat dieser Organisation im März 1992 an. Die aserbaidschanische Delegation nahm erstes Mal im Oktober 1992 an einem Seminar der NATO-Mitgliedsstaaten in der Türkei teil und traf sich mit dem Generalsekretär der NATO Manfred Werner.
Im Februar 1993 nahm die aserbaidschanische Delegation in Brüssel an einer Konferenz der NATO über Probleme der Sicherheit Europas teil. Auf der Konferenz wurde über die soziopolitische Situation in Aserbaidschan und die Aggression Armeniens vermittelt.
Eine Zusammenarbeit zwischen der Nordatlantischen Allianz und Aserbaidschan auf höchster
Ebene kam erst 1994 zustande. Während des Besuchs in Brüssel am 4. Mai 1994 unterzeichnete der Präsident der Republik Aserbaidschan Heydar Aliyev den Vertrag über die "Partnerschaft für den Frieden" (PfF), die eine Zusammenarbeit zwischen der NATO und den ehemaligen Sowjetrepubliken in Anspruch nimmt. Bei diesem Besuch wurde die Auffassung vermittelt, dass dieses Programm zur Beendigung bewaffneter Konflikte und Erreichung des Friedens beitragen kann. Die PfF sieht Hilfe für die Streitkräfte der Mitgliedsstaaten zwecks der Friedensschaffung, Rettung und Minenräumung sowie humanitärer Einsätze vor.
Die Umsetzung des PfF-Programms fing 1996 an. Seither nahmen die Mitarbeiter des Verteidigungsministeriums der Republik Aserbaidschan an den im Rahmen den PfF durchgeführten Seminaren und Trainings teil. 1998 führten die Vertreter der NATO mit den Ministerien für Verteidigung, Nationale Sicherheit und Inneres sowie der Staatlichen Ölfirma (State Oil Company) der Republik Aserbaidschan zusammen in Baku eine Konferenz über die Sicherheit von Pipelines durch.
1995 kamen die Vertreter verschiedener Strukturen der NATO unter der Leitung des türkischen Vorsitzenden vom Verifikationsausschuss der Organisation Necil Nedimoglu nach Aserbaidschan zu Besuch. In Verhandlungen mit der Delegation wurde die Notwendigkeit der Befreiung aserbaidschanischer Gebiete von Okkupation und der Friedensstiftung erhoben.
Im Juni 1995 besuchte der Vize-Oberbefehlshaber der Alliierten Europäischen Streitkräfte General T. McKenzy Aserbaidschan. Er verriet beim Gespräch mit dem Präsidenten der Republik Aserbaidschan Heydar Aliyev, dass die Nordatlantische Allianz bedeutende Rolle beim Ausbau der aserbaidschanischen Streitkräfte spielen kann. Erst in diesem Treffen erklärte der NATO-Vertreter die Notwendigkeit der Befreiung aserbaidschanischer Gebiete von Okkupation und der Friedensschaffung in der Region.
Der aserbaidschanische Präsident Heydar Aliyev traf sich im April 1996 mit dem Generalsekretär der NATO Javier Solana, als er in Brüssel zwecks des Abschlusses eines Kooperationsabkommens mit der Europäischen Union zu Besuch war. Beim Treffen verriet Herr Solana, dass er die Tätigkeit Heydar Aliyevs für den Ausbau der Unabhängigkeit und Staatlichkeit Aserbaidschans hoch schätzt. Er sagte, dass Abschluss eines Kooperationsabkommens zwischen dreier südkaukasischen Republiken und der Europäischen Union auch von großer Tragweite ist.
Im Februar 1997 besuchte Javier Solana Baku. Beim Gespräch mit ihm gab der aserbaidschanische Staatschef Heydar Aliyev bekannt, dass Aserbaidschan seine Verpflichtungen im Rahmen des PfF-Programms erfüllt, dass es trotzdem noch viele Sachen erledigen muss.
Havier Solana sagte, dass die Sicherheitsfrage sowohl für die NATO als auch für Aserbaidschan von großer Bedeutung ist, und dass er auf eine Fortsetzung der Partnerschaft zwischen den Seiten im Rahmen der PfF hofft.
Die Republik Aserbaidschan schloss sich auch dem Euroatlantischen Kooperationsrat an, der im Mai 1997 zustande kam. Im Vergleich zum Nordatlantischen Kooperationsrat sieht diese Struktur der Organisation den Übergang von Beratungen und Diskussionen im Rahmen der PfF zu praktischen Schritten vor.
Der aserbaidschanische Präsident Heydar Aliyev nahm an dem im Juli 1997 in Madrid durchgeführten Treffen der Staats - und Regierungschefs des Euroatlantischen Kooperationsrats teil. Er nannte in seiner Rede beim Treffen den Euroatlantischen Kooperationsrat als wichtiger Mechanismus für die Beratungen und Partnerschaft unter den NATO-Mitgliedern und Partnerländern. Darüber hinweg rief er die NATO auf, bei der Überwindung der bewaffneten Konflikte im Kaukasus nicht beiseite zu bleiben. Heydar Aliyev erklärte, dass die Konflikte in dieser Region eine Gefahr für die gesamteuropäische Sicherheit darstellen.
Im November 1997 unterzeichnete Präsident der Republik Aserbaidschan den Erlass über die "Maßnahmen für die Verstärkung der Kooperation zwischen der Republik Aserbaidschan und der NATO". Laut diesem Erlass wurde der Ausschuss beim Präsidenten der Republik Aserbaidschan für die Kooperation mit der NATO gegründet. Dieser Ausschuss ist angewiesen, für die Vorbereitung eines einheitlichen Programms im Rahmen der PfF die Tätigkeiten entsprechender Ministerien zu koordinieren. Jenes Jahr nahm im Hauptquartier der NATO in Brüssel die aserbaidschanische Vertretung seine Mission auf.
Die militärische Kooperation zwischen Aserbaidschan und der NATO wurde seit 1997 noch verstärkt. Dieses Jahr schloss sich Aserbaidschan auch dem Programm des sog. Planungs- und Analysenprozesses (PARP) an. Das Projekt weist auf Reformen im Verteidigungsbereich in Aserbaidschan hin. Die Repräsentanten Aserbaidschanischer Streitkräfte nahmen an den NATO-Trainings teil, die im Juli-August 1997 in Washington durchgeführt wurden.
Im September 1998 unternahm der NATO-Generalsekretär Javier Solana seine zweite Reise nach Aserbaidschan. Bei diesem Besuch vermittelte er seine Auffassungen bezüglich der euroatlantischen und regionalen Sicherheitsfragen und besprach die Wege der Weiterentwicklung von Wechselbeziehungen.
Im April 1999 nahm Präsident der Republik Aserbaidschan Heydar Aliyev in Washington an dem 50. Jubiläum der NATO teil und hielt eine Rede. Er erklärte nochmals, dass Aserbaidschans Teilnahme an dem PfP-Programm nachhaltig wird.
Aserbaidschan kooperiert zudem mit der hervorragenden Struktur dieser Organisation, der Parlamentarischen Versammlung. Aserbaidschan wurde in der Tagung der Parlamentarischen Versammlung vom Mai 1999 in Polen der Beobachterstatus gewährt. Im September des genannten Jahres nahm eine Abteilung Aserbaidschanischer Streitkräfte im Rahmen der NATO-Friedenstruppen seine Tätigkeit für die Gewährleistung der Sicherheit in Kosovo auf. Am 19. November 2001 wurde Aserbaidschan zu einem assoziierten Mitglied der Parlamentarischen Versammlung der NATO.
Im Januar 2001 besuchte der neue NATO-Generalsekretär Georg Robertson Baku. In seinem Treffen mit dem aserbaidschanischen Präsidenten Heydar Aliyev wurden der Armenien-Aserbaidschanische Konflikt und die Entwicklungsmöglichkeiten der NATO-Aserbaidschanischen Beziehungen besprochen.
Hedyar Aliyev nahm im November 2002 in Prag am Treffen der Staatschefs der Mitgliedstaaten des Euroatlantischen Kooperationsrates teil. Der aserbaidschanische Präsident rief in seiner Gipfeltreffen-Rede die NATO zur Intensität bei der Bewältigung südkaukasischer Konflikte auf.
2002-2003 gesellten einige Abteilungen Aserbaidschanischer Streitkräfte sich den friedensstiftenden Operationen in Afghanistan und im Irak im Rahmen der Partnerschaft mit der NATO. Im Mai 2003 besuchte Georg Robertson Aserbaidschan zum nächsten Mal. Bei diesem Besuch wandte sich die aserbaidschanische Seite an ihn für den Beitritt zum "Operationsplan für die Individuelle Partnerschaft", der eine engere Zusammenarbeit mit der Organisation in Anspruch nimmt. Der Plan für die Einbeziehung ins Projekt wurde im Mai 2004 vom aserbaidschanischen Präsidenten Ilham Aliyev bei seinem Besuch in Brüssel dem NATO-Generalsekretär Joop de Hoop Schäfer vorgestellt. Der letzte kam im November 2004 nach Aserbaidschan zu Besuch.
Die aktuellste Lage der Zusammenarbeit zwischen Aserbaidschan und der NATO wird beim Besuch des Sonderbeauftragten des NATO-Generalsekretärs für Zentralasien und Südkaukasus Robert Simons im April 2006 in Baku verdeutlicht. Aserbaidschans Präsident Ilham Aliyev verriet beim Treffen mit ihm seine Zufriedenheit mit den Beziehungen zwischen der Nordatlantischen Allianz und Aserbaidschan. Ilham Aliyev betonte die Notwendigkeit des Übergangs zu einer neuen Stufe der NATO-Aserbaidschanischen Partnerschaft als Fortsetzung der nachhaltigen Beziehungen.
In seiner Reihe sagte Robert Simons, dass er die im Rahmen der NATO-Programme in Aserbaidschan durchgeführten Programme sehr hoch schätzt. Er berichtete auch, dass die Nordatlantische Allianz mit der Teilnahme Aserbaidschans an den friedenserhaltenden Missionen in verschiedenen Regionen der Welt zufrieden ist. Der Repräsentative der Organisation für Zentralasien und Südkaukasus erklärte, dass es großes Potenzial für eine hervorragende Zusammenarbeit zwischen der Republik Aserbaidschan und der Organisation in Bereichen der Sicherheit von Grenzen, der Bekämpfung des Terrorismus, organisierter Kriminalität, der Verbreitung nuklearer Komponenten, Drogenschmuggelung sowie illegaler Migration gibt.
Dass die NATO-Aserbaidschanischen Beziehungen das höchste Niveau erreichten und eigentlich dass die Partnerschaft mit dieser Organisation zu einer hauptsächlichen Richtungen aserbaidschanischer Außenpolitik wurde, kam zustande, weil Aserbaidschans Präsident Heydar Aliyev am 4. Mai 1994 den Vertrag über die PfF der NATO unterzeichnet hatte. Haydar Aliyev gab in seiner Rede während der Unterzeichnungszeremonie das Ziel und die Bedeutung der Partnerschaft mit der NATO folgenderweise bekannt: "...Wir haben die Einladung der NATO für die osteuropäischen Länder bzw. neuen unabhängigen Staaten der damaligen Sowjetunion zu einem Anschluss zum Dokument "Partnerschaft für Frieden" gerne entgegengenommen. Wir haben beschlossen, dieses Dokument zu unterzeichnen und hoffen sehr auf eine Zusammenarbeit mit der NATO. Diese Zusammenarbeit ist für uns sehr wichtig aus der Sicht, Aserbaidschan in die westliche Demokratie einzubeziehen und alternative Wege für die Stabilisierung der Situation in der Region, Beendigung des Kriegs sowie Schaffung des Friedens und der freundlichen Nachbarschaft zwischen Aserbaidschan und Armenien zu suchen."