El 31 de diciembre de 1991 la Unión Europea(UE) reconoció la independencia estatal de la República de Azerbaiyán, el 27 de febrero de 1992 fueron establecidas las relaciones oficiales diplomáticas.
A principios de los años noventa la UE ha elaborado y financia el programa de TASIS para el trabajo con los estados nuevos independientes, la realización de las reformas democráticas, la creación de la infraestructura de la economía de mercado, el desarrollo de los asuntos de comercio, de transporte y de aduana. El proyecto del "Corredor de transporte de Transcaucáso Europa - Caucáso - Asia" (TRASECA) que fue presentado en mayo de 1993 en Bruselas en la conferencia con la participación de los representantes de 5 estados de Asia Central y 3 estados de Caucáso del Sur, es otra iniciativa de la UE. Este proyecto preve la reconstitución y el desarrollo en condiciones nuevas del corredor histórico Este - Oeste, la "Vía de seda", la infrestructura de transporte y de comunicación. La UE contribuye al proyecto elaborando un programa de asistencia técnica. La conferencia internacional que celebró del 8 al 9 de septiembre de 1998 en Bakú con la participación de los representantes de 32 estados y 13 organizaciones internacionales fue un momento importante en la realización del proyecto de TRASECA. En esta conferencia fue firmado un documento importante titulado "El acuerdo principal multilateral sobre el transporte internacional para el desarrollo del corredor de transporte Europa - Caucáso - Asia" que reflejaba las cuestiones técnicas y económicas de la realización del corredor de transporte Europa - Caucáso - Asia. El funcionamiento intensivo de TRASECA ha desempeñado el papel importante en la vida social y económica de Azerbaiyán. Esto se ha mostrado en los benefícios obtenidos del transporte de mercancías, en el desarrollo de la infraestructura de transporte, en la creación de los puestos nuevos de trabajo y en otras esferas. El 21 de febrero de 2001 comenzó a funcionar en Bakú el secretariado permanente de la comisión intergubernamental de TRASECA y cumple las funciones de coordinación.
"El acuerdo de la colaboración y la cooperación" firmado en abril de 1996 fue una acta importante que elevaba a una nueva etapa las relaciones entre la UE y Azerbaiyán. El Presidente Heydar Aliyev ha caracterizado este acuerdo que entró en vigor en el año 1999 y ofrece un fundamento jurídico y normativo de las relaciones recíprocas, como "un hecho histórico que tiene una importancia grande para el Estado de Azerbaiyán. Este acuerdo fue dirigido al desarrollo de las relaciones recíprocas en diferentes esferas de la sociedad - en la esfera política, económica, cultural, social -. Según el acuerdo los objetivos de la colaboración fueron determinados así:
- Desarrollar el diálogo político entre las partes y para esto determinar los límites correspondientes.
- Reforzar la democracia y contribuir a la terminación del paso a la economía de mercado.
- Desarrollar entre las partes el comercio y las inversiones con el fin de alcanzar el desarrollo sostenible económico.
- Crear una base para cooperar en la esfera legislativa, financiera, de ciudadanía, científica, tecnológica y de la cultura.
Según la orden del Presidente de la República de Azerbayán del 23 de noviembre de 1999 fue creada una comisión estatal para cumplir las tareas de este acuerdo, preparar y realizar las medidas determinadas para ampliar y arreglar las relaciones con la UE.
La creación de la estructura de estas relaciones es otro cambio cualitativo surgido en las relaciones entre la UE y Azerbayán después de la entrada en vigor del acuerdo de la colaboración y la cooperación es. El funcionamiento de los órganos creados - el Consejo de cooperación, el Comité de cooperación parlamentaria - ha asegurado la permanencia, la regulación y en la medida de lo posible la sistematización de las relaciones recíprocas.
Desde el año 1999 comenzó a desarrollarse intensivamente las relaciones interparlamentarias. Una de las direcciones de las relaciones en esta esfera es la cooperación en el marco de la cooperación parlamentaria, cuya primera asamblea fue celebrada en abril de 2000. La discusión en las sesiones del comité del documento nombrado "Los estados de Caucáso en dirección a la Unión Europea: un llamamiento nuevo del parlamento europeo" fue una manifestación del desarrollo de las relaciones.
El 10 de octubre de 1999 fue celebrada la primera asamblea del Consejo de cooperación. En los encuentros y asambleas numerosas fueron discutidos los problemas siguientes: las vías del arreglo de los conflictos regionales, las cuestiones de la cooperación regional, el papel de los programas internacionales como TASIS, TRASECA, INOGEYT, las reformas realizadas en Azerbayán, la integración en las estructuras económicas y políticas de Europa, los problemas de seguridad, la unificación del sistema judicial, la libertad de prensa.
Se amplian las relaciones económicas y comerciales entre Azerbaiyán y la UE. Actualmente Azerbayán es un socio más grande de la UE en Caucáso del Sur. Solamente en comparación con el año 2002, en el año 2003 el volumen de las relaciones comerciales se ha multiplicado en un 40 %. En la importación total de la república la parte de la UE ha aumentado de un 19,4 % en 2000 a un 32 % en 2003, en la exportación en estos años de un 60,4 % a un 65,7 %.
En últimos años cambia la actitud de la UE hacia el conflicto de Nagorni Karabaj. En las declaraciones sobre Nagorni Karabaj, hechos por la UE en 1992, 1993, no fue indicado concretamente el Estado agresivo que comenzaba el conflicto, y el Estado que sufría una agresión. Pero en la "Declaración de la presidencia en nombre de la UE sobre las elecciones presidenciales" hecha en agosto de 2002 en relación a las elecciones presidenciales celebradas en Nagorni Karabaj por el régimen ilegítimo, fueron expresados francamente y concretamente lo que "No reconoce la independencia de Nagorni Karabaj", "Presta apoyo a la integridad territorial de Azerbayán", Armenia es una parte del conflicto.
A principios de 2004 el parlamento de la UE adoptó un documento sobre la estrategia nueva de la cooperación con los países de Caucáso del Sur. Uno de los momentos importantes del documento es lo que fue notado el hecho de la limpieza étnica realizada por Armenia en los territorios ocupados.
La creación el 3 de abril de 2000 de la representación permanente de Azerbayán en la UE sobre la base de la orden del Presidente "Sobre el mantenimiento de organización de la actividad de la representación de la República de Azerbayán en la UE" y el nombramiento en julio de 2003 del representante especial en Caucáso del Sur de la UE fueron los pasos importantes para desarrollar las relaciones recíprocas.
Desde el año 2004 comenzó una etapa nueva en las relaciones entre la UE y Azerbayán. En el año 2004 la UE ha concedido a Caucáso del Sur un estatuto nuevo. (Según de la resolución de la UE del 14 de julio de 2004 Azerbayán fue admitido en la Política de Vecindad Nueva.) El estatuto de la "vecindad" nueva que condiciona el paso de las relaciones recíprocas a un nivel nuevo, crea la posibilidad para cooperar más estrechamente con la UE.
El Presidente Ilham Aliyev tomando en consideración del paso a una etapa cualitativamente nueva de la integración en Europa como resultado del ingreso del país en la Política de Vecindad Nueva, el 1 de junio de 2005 dio una orden sobre la creación de la comisión estatal para la integración de la República de Azerbaiyán en la UE. En la orden fue previsto crear los grupos de trabajo para cooperar con la UE en la esfera política, económica, de transporte y energética, jurídica, de seguridad, de derechos humanos y democratización, humanitaria, científica y de instrucción y etc. En noviembre de 2006 en el marco de la Política de vecindad europea fue adoptado "El plan de acción Azerbayán - UE". La UE asignó 92 millones euro para realizar este plan de acción. Ilham Aliyev es el líder del primer país de Caucáso del Sur que fue invitado a Bruselas (mayo, 2004). Todos estos hechos manifiestan la atención grande de la UE prestada a Azerbayán. En el marco de la visita el presidente Ilham Aliyev notó que "La integración en la UE es nuestro objetivo estratégico".
En noviembre de 2006, durante la visita del Presidente de la República de Azerbayán señor Ilham Aliyev a Bruselas entre Azerbayán y la Unión Europea fue firmado un memorándum sobre la cooperación estrecha en la esfera energética. El programa de vecindad nueva de la Unión Europea junto con los países de Caucáso del Sur afirma una vez más el interés serio de la organización por la región.