Pada bulan Februari tahun 1993 di Brussel delegasi Azerbaijan mengambil bagian dalam konferensi atas masalah-masalah keamanan Eropa yang diselenggarakan oleh NATO. Dalam konferensi itu diberi informasi tentang keadaan sosial-politik di Azerbaijan, tentang agresi Armenia.

Dasar kerja tingkat tinggi antara Uni Atlantik Utara dengan Azerbaijan diletakkan sejak tahun 1994. Sewaktu kunjungan ke Brussel pada tanggal 4 Mei tahun 1994 Presiden Republik Azerbaijan Haidar Aliyev menandatangani perjanjian "Kemitraan demi perdamaian" yang menggariskan kerja sama NATO dengan republik-repiblik bekas Uni Sovyet. Sewaktu kunjungan itu dinyatakan pikiran bahwa program ini bisa memberi pengaruh besar kepada penyelesaian konflik-konflik bersenjata dan pencapaian perdamaian. "Kemitraan demi perdamaian" menggariskan penciptaan damai, penyelamatan, pembersihan ranjau, pemberian bantuan kepada angkatan bersenjata negara-negara anggotanya dengan tujuan mengadakan operasi-operasi humaniter.

Perwujudan real program "Kemitraan demi perdamaian" dimulai sejak tahun 1996. Sejak waktu itu para petugas Kementerian Pertahanan Republik Azerbaijan mengambil bagian dalam seminar-seminar dan latihan-latihan yang diselenggarakan dalam batas "Kemitraan demi perdamaian". Pada musim semi tahun 1998 di Baku wakil-wakil NATO bersama dengan delegasi-delegasi Kementerian Pertahanan, Kementerian Keamanan, Kementerian Dalam Negeri Republik Azerbaijan mengadakan konferensi atas persoalan-persoalan keamanan pipa-pipa.

Pada tahun 1995 wakil-wakil bermacam-macam struktur NATO di bawah pimpinan ketua komite verifikasi organisasi itu dari Turki Nejil Nedimoghlu mengunjungi Azerbaijan. Dalam perundingan dengan delegasi itu ditegaskan perlunya dibebaskannya tanah-tanah Azerbaijan dari pendudukan, ditetapkannya perdamaian di region ini.

Pada bulan Juni tahun 1995 wakil komandan angkatan bersenjata NATO atas Eropa jenderal Ch.MacKanzie berada di Azerbaijan. Sewaktu pertemuan dengan Presiden Republik Azerbaijan Haidar Aliyev beliau mengatakan bahwa Uni Atlantik Utara bisa memainkan peranan yang berarti dalam penyempurnaan Angkatan Bersenjata Azerbaijan. Dalam pertemuam itu untuk pertama kalinya utusan NATO menyatakan perlunya pembebasan tanah-tanah Azerbaijan dari pendudukan dan penetapan perdamaiam di region ini.

Presiden Azerbaijan Haidar Aliyev sewaktu kunjungannya ke Brussel pada bulan April tahun 1996 untuk mengadakan perjanjian dengan Uni Eropa, bertemu juga dengan Sekretaris jenderal NATO Javier Solana. Dalam pertemuan itu Solana menyatakan bahwa memandang tinggi kegiatan Haidar Aliyev dalam pengokohan kemerdekaan dan kenegaraan Azerbaijan. Beliau menegaskan bahwa ditandatanganinya perjanjian antara tiga republik Kaukasus Selatan dengan Uni Eropa adalah langkah yang penting.

Pada bulan Februari tahun 1997 Javier Solana mengunjungi Baku. Dalam perbincangan dengan beliau kepala negara Azerbaijan Haidar Aliyev menyatakan bahwa Azerbaijan menunaikan tugas kewajiban yang dibebankan kepadanya dalam batas program "Kemitraan demi perdamaian" dan mencatat bahwa bersamaan dengan ini banyak kerja lagi harus dilakukan.

Javier Solana menyatakan bahwa persoalan keamanan berarti besar untuk NATO dan Azerbaijan dan mengungkapkan harapan bahwa kerja sama antara pihak-pihak ini dalam batas "Kemitraan demi perdamaian" akan dilanjutakan. Republik Azerbaijan masuk juga struktur Dewan Kemitraan Eropa-Atlantik yang diciptakan pada bulan Mei tahun 1997. Berlainan dengan Dewan Kemitraan Atlantik Utara struktur itu menggariskan penjaminan peralihan dari konsultasi-konsultasi dan pembicaraan-pembicaraan ke langkah-langkah praktis.

Pada bulan Juli tahun 1997 Presiden Republik Azerbaijan Haidar Aliyev mengambil bagian dalam pertemuan Dewan Kemitraan Eropa-Atlantik di Madrid dalam tingkat para kepala negara dan pemerintah. Dalam pidatonya dalam pertemuan itu beliau menamakan Dewan Kemitraan Eropa-Atlantik sebagai mekanisme penting untuk saling berkonsultasi dan beraksi antara anggota-anggota dan negeri-negeri mitra NATO. Tambahan lagi, beliau memanggil NATO tidak menyingkirkan diri dari pencegahan konflik-konflik bersenjata di Kaukasus. Haidar Aliyev mengumumkan bahwa konflik-konflik regional ini membahayakan keamanan seluruh Eropa pula.

Pada bulan Nopember tahun 1997 Presiden Republik Azerbaijan Haidar Aliyev mengeluarkan perintah "Tentang langkah-langkah untuk menguatkan kerja sama antara Republik Azerbaijan dan NATO". Berdasarkan perintah ini di bawah Presiden Republik Azerbaijan sudah diciptakan komisi kerja sama dengan NATO. Komisi ini menggariskan koordinasi kegiatan kementerian-kementerian yang bersangkutan untuk menyiapkan program kesatuan dalam batas "Kemitraan demi perdamaian". Pada tahun itu pun di markas besar NATO di Brussel mulai berfungsi perwakilan Azerbaijan.

Kerja sama antara Azerbaijan dan NATO dalam bidang militer mulai menjadi lebih kuat sejak tahun 1997. Tahun yang sama Azerbaijan mengikut juga program Proses perencanaan dan analisa (PPA) organisasi ini. Proyek itu menggariskan pelaksanaan reformasi dalam bidang pertahanan di Azerbaijan. Wakil-wakil Angkatan Bersenjata Azerbaijan mengambil bagian dalam latihan-latihan NATO yang diadakan pada bulan-bulan Juli-Agustus tahun 1997 di AS.

Pada bulan September tahun 1998 Sekretaris jenderal NATO Javier Solana mengunjungi Baku untuk kedua kalinya. Sewaktu kunjungan ini beliau menyatakan pendapat organisasi ini mengenai soal-soal keamanan Eropa-Atlantik dan membicarakan jalan-jalan pengembangan hubungan timbal balik.

Pada bulan April tahun 1999 Presiden Republik Azerbaijan Haidar Aliyev mengambil bagian dalam peringatan hari ulang tahun yang ke-50 NATO yang diadakan di Washington dan mengucapkan pidato di sana. Beliau sekali lagi menyatakan bahwa ikut sertanya Azerbaijan dalam program "Kemitraan demi perdamaian" akan melanjut.

Azerbaijan bekerja sama rapat-rapat dengan Majelis Parlemen yang merupakan struktur yang berwibawa organisasi ini. Pada bulan Mei tahun 1999 dalam sidang Majelis Parlemen NATO yang diadakan di Polandia Azerbaijan diberikan status pengawas di struktur ini. Pada bulan September tahun yang sama satu peleton Angkatan Bersenjata Azerbaijan mulai berfungsi dalam susunan para pencipta damai NATO untuk menjamin keamanan di Kosovo. Pada tanggal 19 Nopember tahun 2001 Azerbaijan diterima dalam Majelis Parlemen NATO sebagai anggota asosiatif.

Pada bulan Januari tahun 2001 Sekretaris jenderal George Robertson mengunjungi Baku. Dalam pertemuannya dengan Presiden Azerbaijan Haidar Aliyev dibicarakan konflik Armenia-Azerbaijan, Garabagh Atas. Kemungkinan-kemungkinan pengembangan hubungan antara NATO dan Azerbaijan.

Pada bulan Nopember tahun 2002 Haidar Aliyev mengambil bagian dalam pertemuan Praha para pemimpin negeri-negeri anggota Dewan kemitraan Eropa-Atlantik NATO. Dalam pidatonya dalam konferensi tingkat tinggi itu Presiden Azerbaijan memanggil NATO untuk mengambil bagian secara lebih aktif dalam penyelesaian konflik-konflik di Kaukasus Selatan.

Pada tahun-tahun 2002-2003 satuan-satuan Angkatan Bersenjata Azerbaijan mengikut operasi-operasi di Afghanistan dan Iran dalam batas kerja sama dengan NATO. Pada bulan Mei tahun 2003 George Robertson mengunjungi Azerbaijan untuk berikut kalinya. Sewaktu kunjungan itu pihak Azerbaijan minta kepadanya tentang ikut sertanya Azerbaijan dalam "Plan Operasi dalam kemitraan induvidual" yang menggariskan kerja samanya dengan organisasi tersebut secara lebih rapat lagi. Plan ikut sertanya Azerbaijan dalam proyek itu diserahkan kepada Sekretaris jenderal NATO Jap de Hoop Scheffer sewaktu kunjungan Presiden Azerbaijan Ilham Aliyev di Brussel pada bulan Mei tahun 2004. Sekretaris jenderal NATO mengunjungi Azerbaijan pada bulan Nopember tahun 2004.

Keadaan kerja sama antara Azerbaijan dengan NATO pada periode yang terakhir ini mulai menjadi jelas berkat kunjungan wakil khusus Sekretaris jenderal NATO atas Kaukasus Selatan dan Asia Tengah Robert Simmons di Baku pada bulan April tahun 2006. Dalam pertemuan dengan beliau Presiden Azerbaijan Ilham Aliyev menyatakan kepuasannya dengan pengembangan hubungan antara Uni Atlantik Utara dan Azerbaijan. Sehubungan dengan itu Ilham Aliyev menyatakan perlunya memulai tahap baru kemitraan antara NATO dan Azerbaijan.

Robert Simmons pada gilirannya menilai tinggi pelaksanaan reformasi-reformasi di Azerbaijan berdasarkan program NATO. Beliau mengatakan juga bahwa Aliansi Atlantik Utara puas dengan ikut sertanya Azerbaijan dalam operasi-operasi penciptaan damai yang dilakukan di berbagai pelosok dunia. Wakil Sekretaris jenderal atas Asia Tengah dan Kaukasus Selatan menyatakan bahwa ada kemungkinan-kemungkinan besar untuk kerja sama antara Azerbaijan dan NATO dalam bidang perjuangan demi keamanan tapal batas, terhadap terorisme, kejahatan terorganisasi, penyebaran komponen-komponen nuklir, pengangkutan narkoba ilegal, migrasi ilegal.

Dasar peningkatan hubungan antara Azerbaijan dan NATO sampai taraf yang paling tinggi, menjadikannya kerja sama dengan organisasi itu sebagai salah satu haluan politik luar negeri Azerbaijan diletakkan dengan ditandatanganinya perjanjian NATO "Kemitraan demi perdamaian" oleh Presiden Azerbaijan Haidar Aliyev pada tanggal 4 Mei tahun 1994. Dalam pidatonya dalam upacara penandatanganan perjanjian itu Haidar Aliyev mengumumkan tujuan dan arti penting kerja sama dengan NATO: "Kami dengan rasa puas hati menerima undangan NATO yang ditujukan kepada negeri-negeri Eropa Timur dan negara-negara merdeka baru - negara-negara pecahan bekas Uni Sovyet untuk mengikut dokumen "Kemitraan demi perdamaian". Kami memutuskan menandatanganinya dan menaruh harapan besar akan kerja sama dengan NATO. Kerja sama ini penting sekali untuk Azerbaijan baikpun dari segi menerjunkan diri ke demokrasi Barat maupun dari segi sambil bekerja sama dengan NATO mencari jalan-jalan tambahan untuk stabilisasi keadaan di region ini, penyelesaian perang, penetapan perdamaian dan ketetanggabaikan antara Azerbaijan dan dan Armenia".