1998-ci il oktyabrın 11-də Azərbaycan Respublikasında keçirilən Prezident seçkiləri günündə səsvermədə iştirak edən seçicilərin 2.556.059 nəfəri və ya 76,11 faizi ölkə prezidentliyinə altı namizəddən biri olan Heydər Əlirza oğlu Əliyevə səs verib. Azərbaycan Respublikası Konstitusiyasının 101-ci maddəsinin 2-ci hissəsinə uyğun olaraq H.Əliyev səsvermədə iştirak edənlərin üçdə iki hissəsinin səsini qazanaraq yenidən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilib.

Oktyabrın 18-də Dövlət Müstəqilliyi Günündə Prezidentin andiçmə mərasimi keçirilib.

İkinci prezidentlik müddətində Heydər Əliyev ilk bələdiyyə seçkilərinin keçirilməsinə, Bakı-Supsa neft boru kəmərinin çəkilməsinə, Bakı-Tbilisi-Ceyhan kəmərinin təməlinin qoyulmasına nail olub. Həmin dövrdə Azərbaycan Respublikası Avropa Şurasına tamhüquqlu üzv qəbul edilib. Həmçinin özəlləşdirməyə dair II dövlət proqramı qəbul olunub, Dünya Azərbaycanlılarının I qurultayı keçirilib və xaricdə Azərbaycan diasporunun formalaşdırılması üçün həlledici addımlar atılıb.