Heydər Əliyev islamiyyətlə bağlı olan dini-mərasim və adətlərin də layiqincə keçirilməsinə böyük əhəmiyyət verib. Bibiheybət məscidinin yenidən qurulmasına vəsait ayırması və bununla bağlı işləri şəxsi nəzarətində saxlaması da bu qəbildəndir. Bibiheybət məscidi ziyarətgah məqsədi ilə Şirvanşahlar dövründə inşa edilib. Məscidin portalındakı kitabədə onun 1281/82-ci illərdə II Fərruxzadın əmrilə memar Mahmud ibn Səid tərəfindən tikildiyi yazılır. Burada VII İmam Museyi-Kazımın (ə) qızı, VIII İmam Rzanın (ə) bacısı Həzrət Həkimənin və İmam Museyi-Kazımın (ə) üç nəvəsinin (2 oğlan, 1 qız) məzarları var. Ziyarətgah 1934-cü ildə, sovet dövründə dinə qarşı mübarizə kampaniyası çərçivəsində iki dəfə tamamilə dağıdılıb, yerində Azərbaycanda Sovet hakimiyyətinin qələbəsi şərəfinə “Qələbə tağı” və Stalinin heykəli ucaldılıb.

Heydər Əliyevin sayəsində Bibiheybət ziyarətgahı yenidən həyat qazanıb. 1997-ci ildə məscidin bərpa və tikintisinə başlanılıb. Bir il sonra, iyul ayının 12-də, Həzrət Peyğəmbərin (s) mövludu günündə Heydər Əliyev məscidin açılış mərasimində iştirak edib. 2008-ci ildə isə ziyarətgah Prezident İlham Əliyevin iştirakı ilə bütöv bir kompleks kimi istifadəyə verilib.