1 mart 2000-ci il tarixində Estoniyanın xarici işlər naziri Toomas Hendrik İlves Azərbaycana səfər edib. Əsasən ticarət - biznes nümayəndələrindən ibarət nümayəndə heyəti ilə gələn Estoniya xarici işlər nazirinin bu səfəri tərəflər arasında əlaqələri genişləndirmək məqsədi daşıyıb.

2 mart 2000-ci ildə o, Azərbaycan Prezidenti Heydər Əliyevlə görüşüb. Görüş zamanı Azərbaycanın dövlət başçısı Toomas Hendrik İlvesə Ermənistan-Azərbaycan, Dağlıq Qarabağ münaqişəsi barədə məlumat verib. Toomas Hendrik İlves Estoniyanın Azərbaycanla konkret, spesifik məsələlər üzrə əməkdaşlıq etmək istədiyini və Avropa Şurasına daxil olmaqda Estoniyanın Azərbaycanı çox dəstəklədiyini bildirib.

Prezident Heydər Əliyev Avropa Şurasına daxil olmaqla əlaqədar Estoniyanın göstərdiyi dəstəyə görə xarici işlər nazirinə təşəkkür edərək bildirib: \"Güman edirəm, bilirsiniz ki, bu yaxın aylarda bu məsələ həll olunacaqdır və şübhə etmirəm ki, indiyə qədər olduğu kimi, bundan sonra da siz öz səylərinizi göstərəcəksiniz\". Səfər zamanı Birgə Bəyanat,Azərbaycan Respublikası Hökuməti və Estoniya Respublikası Hökuməti arasında gömrük işi sahəsində qarşılıqlı əməkdaşlıq və ticarət-iqtisadi əməkdaşlıq haqqında Saziş imzalanıb.

Azərbaycan-Estoniya əlaqələri İlham Əliyev Azərbaycan Respublikasının prezident seçildikdən sonra keyfiyyətcə yeni mərhələyə qədəm qoyub.

12 iyun 2004-cü ildə Estoniyanın xarici işlər naziri K. Oyulandın başçılıq etdiyi nümayəndə heyəti Azərbaycana səfər edib.

17 iyun 2004-cü ildə Prezident İlham Əliyev Əhali Məskunluğu Məsələləri naziri Paul-Eerik Rummo başda olmaqla Estoniya Respublikasının nümayəndə heyətini qəbul edib. Görüş zamanı Azərbaycan Prezidenti bildirib ki, ikitərəfli əlaqələrin inkişafı ölkələrimizin mənafelərinə uyğundur və bunun üçün iqtisadiyyatda, siyasi məsləhətləşmələr sahəsində böyük potensial var. Prezident həmçinin, Estoniyadakı Azərbaycan diasporunun ölkənin ictimai-siyasi həyatında fəal iştirak etdiyini, parlamentdə təmsil olunduğunu və bunun da iki ölkənin xalqlarının yaxınlaşması işinə xidmət edəcəyini bildirib.

Nazir Paul-Eerik Rummo qeyd edib ki, Estoniya azərbaycanlıları ölkənin əsl vətənpərvərləridir və bütün işlərdə onların dəstəyi hiss olunur. Nazir Azərbaycan-Estoniya əməkdaşlığının perspektivlərindən danışaraq vurğulayıb ki, xüsusilə, Avropa Birliyinin proqramları sahəsində birgə layihələrin həyata keçirilməsi mümkündür. O, Estoniyanın Dağlıq Qarabağ münaqişəsində Azərbaycana kömək göstərməyə hazır olduğunu bildirib.

29 oktyabr 2007-ci ildə Prezident İlham Əliyev Estoniyanın xarici işlər naziri Urmas Paetin rəhbərlik etdiyi nümayəndə heyətini qəbul edib. Dövlət başçısı bu səfərin ölkələrimiz arasında əməkdaşlığın gələcək inkişafı istiqamətində mühüm addım olacağına ümid etdiyini bildirib. Urmas Paet Azərbaycana səfərinin məqsədinin müxtəlif sahələrdə əməkdaşlığın inkişafına töhfə vermək olduğunu deyib.

20 iyun 2008-ci ildə Azərbaycan Parlamentinin 90 illik yubileyində iştirak etmək üçün Bakıda səfərdə olan Estoniya Parlamenti sədrinin müavini Kristina Oyulandı Prezident İlham Əliyev qəbul edib. Görüşdə ikitərəfli münasibətlərimizin inkişaf etdirilməsində parlamentlərarası əməkdaşlığın əhəmiyyəti, ölkələrimiz arasında əlaqələrin Avropaya inteqrasiya və Avropa Birliyi çərçivəsində də önəm daşıdığı qeyd olunub.

13 noyabr 2008-ci ildə Estoniyanın Baş naziri Andrus Ansipin Bakıda keçirilmiş Enerji Sammitində iştirak etmək üçün Azərbaycana səfər edib.

2009-cu il yanvarın 12-də Estoniya prezidenti Toomas Hendrik İlvesin rəsmi səfərlə Azərbaycana gəlməsi ikitərəfli münasibətlərin daha da genişlənməsinə təkan verib. Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevlə Estoniya Prezidenti Toomas Hendrik İlvesin təkbətək görüşü olub. Görüşdə iki ölkə arasında münasibətlərin siyasi, iqtisadi və digər sahələrdə uğurlu inkişafından məmnunluq ifadə edilib. Prezident T. H. İlves Avropa Birliyinin digər üzvləri kimi Estoniyanın da Azərbaycanı böyük potensiallı tərəfdaş olaraq nəzərdən keçirdiyini, onunla iqtisadi və siyasi əlaqələri genişləndirmək istədiyini bildirib. Həmçinin, prezident qlobal enerji təhlükəsizliyində Azərbaycanın rolunu xüsusi qeyd edib. Estoniya Prezidenti Ermənistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsində Azərbaycanın ədalətli mövqeyini dəstəklədiyini bəyan edib. Estoniya Prezidenti Heydər Əliyev Fondunda da olub.

Estoniya Prezidentinin Azərbaycana rəsmi səfərinə dair dövlət başçıları bəyanatla çıxış ediblər. Qarşılıqlı maraq doğuran məsələlər ətrafında geniş müzakirələr aparıldığını qeyd edən Prezident İlham Əliyev bəyanatında bildirib: \"...Bu gün imzalanmış Birgə Bəyannamə ikitərəfli münasibətlərə, regional vəziyyətə və bizi bir-birimizə bağlayan bir çox məsələlərə dair fikirlərimizi və ideyalarımızı əks etdirir. Biz Estoniyanın Bəyannamədə əks olunmuş mövqeyinə görə çox minnətdarıq.\"

30 oktyabr 2009-cu ildə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev Azərbaycan Respublikasının Estoniya Respublikasında Səfirliyinin fəaliyyətinin təmin edilməsi haqqında sərəncam imzalayıb.

6 aprel 2010-cu ildə Prezident İlham Əliyev Estoniyaya dövlət səfəri edib. Prezident İlham Əliyevin və Estoniya Prezidenti Toomas Hendrik İlvesin təkbətək görüşü zamanı Azərbaycanla Estoniya arasında ikitərəfli münasibətlərin uğurlu inkişafından məmnunluq ifadə olunub. Yüksək səviyyədə qarşılıqlı səfərlərin əlaqələrimizin genişlənməsi baxımından əhəmiyyəti qeyd edilib. Təkbətək görüş başa çatdıqdan sonra Prezident İlham Əliyev və Prezident Toomas Hendrik İlves birgə Bəyannamə imzalayıblar. Hər iki prezidentin nümayəndə heyətlərinin iştirakı ilə geniş tərkibdə görüşü olub. Prezidentlər ikitərəfli münasibətlərin Azərbaycan-Avropa İttifaqı əlaqələri çərçivəsində vacibliyini vurğulayıblar. Prezidentlər İlham Əliyev və Toomas Hendrik İlves mətbuat üçün bəyanatlarla çıxış ediblər. Estoniyada dövlət səfərində olan Prezident İlham Əliyev bu ölkənin Xarici İşlər Nazirliyində mühazirə ilə çıxış edib. Dövlət başçısı çıxışında ölkələrimiz arasında əlaqələrin inkişafı, Azərbaycanda aparılan uğurlu iqtisadi islahatlar, Avropa İttifaqına inteqrasiya və beynəlxalq təşkilatlarla əməkdaşlıq, həmçinin Ermənistan-Azərbaycan, Dağlıq Qarabağ münaqişəsinin ağır nəticələri və problemin həlli ilə bağlı məsələlərə toxunub. Səfər müddətində Prezident İlham Əliyev Estoniyanın Baş naziri Andrus Ansip və Estoniyanın sabiq prezidenti Arnold Rütel ilə də görüşlər keçirib.

İqtisadi münasibətlər: İki dövlət arasında iqtisadi münasibətlər inkişaf mərhələsindədir. 2009-cu il yanvarın 12-də Estoniya prezidentinin Azərbaycana rəsmi səfəri çərçivəsində Azərbaycan - Estoniya biznes forumunun keçirilməsi iqtisadi münasibətlərin inkişafına müsbət təsir göstərən amildir. Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev tədbirdə çıxış edərək biznes-forumun əməkdaşlığın daha da genişləndirilməsi üçün böyük əhəmiyyət kəsb edəcəyini söyləyib. Hendrik İlves isə Estoniyanın kommunikasiya texnologiyaları sahəsində qazandığı böyük uğurlarını Azərbaycanla yaxından bölüşməyə və bu sahədə sıx əməkdaşlığa hazır olduğunu bildirib. 28 sentyabr 2009-cu ildə BMT Baş Məclisinin 64-cü sessiyasında iştirak etmək üçün Nyu-Yorkda işgüzar səfərdə olan Azərbaycanın xarici işlər naziri estoniyalı həmkarı ilə iki ölkə arasında informasiya və kommunikasiya texnologiyaları sahəsində əməkdaşlıq barədə razılaşma imzalayıb. 2009-cu ilin yanvar-noyabr aylarında Azərbaycanın Estoniya ilə ticarət əlaqələri göstərilən kimi olub (min ABŞ dolları ilə) - idxal 1698,7, ixrac 372,8.

Mədəni münasibətlər: Bu iki ölkə arasında mədəni əlaqələr son illər yüksək inkişaf tempi götürüb. Azərbaycan xalqının ən qiymətli milli abidələrindən olan “Kitabi-Dədə Qorqud” eston dilində nəşr olunub. Estonca-azərbaycanca lüğətin nəşr olunması isə Eston və Azərbaycan xalqlarının ünsiyyət qurmağını asanlaşdıran gözəl vəsaitdir.

2004-cü ildə Estoniya hökumətinin qərarı ilə görkəmli oftalmoloq, akademik Zərifə Əliyeva adına şərq mədəniyyəti xalq universiteti təsis edilib. Tallinndə fəaliyyət göstərən bu ali təhsil ocağı Estoniya əhalisini türkdilli xalqlar və Qafqaz mədəniyyəti, dili, tarixi ilə yaxından tanış edir. 2008-ci ildə Tallin Ratuşasında Estoniya -Azərbaycan Mədəniyyət Mərkəzinin təşəbbüsü ilə Azərbaycan Mədəniyyəti Günləri keçirilib. Azərbaycan Mədəniyyəti günləri çərçivəsində keçirilən tədbirlərdə təxminən 5000 nəfər iştirak edib. 2009-cu ildə Estoniyada \"Azərbaycanlılar\" kitabının təqdimat mərasimi keçirilib. Eston dilində nəşr bu kitab Estoniya Respublikasının Təhsil Nazirliyinin tədris proqramına əsasən tərtib edilib.

Estoniya Azərbaycanı böyük potensialı olan tərəfdaş ölkə hesab edir və Avropanın enerji təhlükəsizliyində oynadığı rola xüsusi önəm verir. Hər iki ölkə NATO-nun Sülh Naminə Tərəfdaşlıq proqramı, BMT, ATƏT, Avropa Şurası və Avropa İttifaqı çərçivəsində qarşılıqlı və faydalı əməkdaşlıq edirlər. Estoniya Ermənistan-Azərbaycan, Dağlıq Qarabağ münaqişəsində Azərbaycanın ədalətli mövqeyini dəstəklədiyini bəyan edib.