В 1991-1993 годах отношения между двумя странами были очень далеки от нормы. Только благодаря политике и дипломатическому умению вновь вернувшегося к руководству Гейдара Алиева Россия смирилась с независимостью Азербайджана и его статусом авторитетного государства Кавказского региона, обладающего широкими  перспективными возможностями, и продемонстрировала намерение установить с ним прагматичные отношения.

Самым важным событием в этом направлении явился официальный визит Президента Азербайджанской Республики Гейдара Алиева в Российскую Федерацию по приглашению Президента этой страны Бориса Ельцина.

3 июля состоялось главное событие - встреча президентов России и Азербайджана в Кремле. На встрече, прошедшей в условиях взаимоуважения и радушия, были обсуждены вопросы политических, экономических отношений между двумя странами, статуса Каспия, армяно-азербайджанского нагорно-карабахского конфликта, а также незаконной поставки Россией оружия в Армению.

После встречи состоялась церемония подписания двусторонних русско-азербайджанских документов. Между Российской Федерацией и Азербайджаном был подписан Договор о дружбе, сотрудничестве и взаимной безопасности, а также ряд экономических соглашений.

После церемонии подписания на пресс-конференции президенты выступили с заявлением. Президент Гейдар Алиев отметил, что подписанные документы создали хорошую нормативно-правовую основу для дальнейшего развития сотрудничества во всех отраслях.

3 июля Президент Азербайджана встретился с премьер-министром Виктором Черномырдиным, министром иностранных дел Евгением Примаковым, председателем Совета Федерации России Егором Строевым, председателем Государственной думы Геннадием Селезневым. На встречах состоялся обмен мнениями вокруг ряда вопросов касательно двустороннего сотрудничества.

В тот же день Президент Гейдар Алиев выступил на встрече с представителями финансовых и деловых кругов России. Гейдар Алиев напомнил, что Азербайджан готов к сотрудничеству с российскими компаниями в сферах банковского дела, нефтяной и нефтеперерабатывающей промышленности, и что действует соответствующее для этого законодательство.

Президент Гейдар Алиев также встретился с заместителем премьер-министра России Борисом Немцовым, а затем с членами Российской академии наук. Гейдар Алиев рассказал об ответственности, павшей на плечи научных организаций периода независимости, и о необходимости сохранения структур Академии наук.

3 июля в Грановитой палате Московского Кремля от имени Президента Российской Федерации был организован официальный прием в честь Президента Азербайджана. Выступивший на приеме Президент Гейдар Алиев отметил: «Наша историческая дружба, наше историческое прошлое и все то, что мы унаследовали от предшествующих поколений и что характеризуется как дружба между русским и азербайджанским народами, между народами России и Азербайджана, имеет для нас особое значение. Сейчас, когда подписаны эти документы, мы вступаем в новый, по нашему мнению, этап наших отношений, и заверяю вас, что Азербайджан будет делать все для того, чтобы дружественные отношения между Россией и Азербайджаном развивались и укреплялись в интересах этих стран».

4 июля Президент Азербайджана Гейдар Алиев встретился с генеральным прокурором России, дал интервью в прямом эфире на радиостанции «Эхо Москвы» и выступил с заявлением на пресс-конференции, организованной агентством «РИА Новости». Гейдар Алиев заявил, что поддерживает демократические процессы в России, и добавил: «Мы хотим иметь тесные, дружественные отношения с обновленной Россией, демократической Россией, с Россией, поддерживающей дружественные, равноправные отношения со всеми странами, в том числе с Азербайджаном».

После этого исторического визита в азербайджано-российских отношениях стал наблюдаться ряд положительных тенденций. Основную же роль в этом процессе играет подписанный между двумя странами 3 июля 1997 года Договор о дружбе, сотрудничестве и взаимной безопасности.