Азербайджанская Республика сохраняет с Эстонией отношения, основанные на дружбе и сотрудничестве. Дипломатические контакты между двумя странами были налажены в апреле-июне 1992 года. Азербайджано-эстонские отношения квалифицируются как нормальные, но недостаточно широкие. (http://www.vm.ee/)

Основа формирования первоначальных отношений между сторонами была заложена после визита делегации Министерства иностранных дел Эстонии в Азербайджан в мае 1994 года. В июле 1996 года министр иностранных дел Эстонии Слим Каллас совершил визит в Азербайджан в качестве председателя Комитета министров Совета Европы. Именно в период председательствования Эстонии Азербайджан получил статус гостя в Совете Европы. (http://www.mfa.gov.az/)

В марте 2000 года министр иностранных дел Эстонии Тоомас Хендрик Илвес совершил визит в Азербайджан. Визит министра иностранных дел Эстонии вместе с делегацией, состоящей в основном из представителей торговли и бизнеса, имел цель расширить связи между сторонами. 2 марта 2000 года он встретился с Президентом Азербайджана Гейдаром Алиевым. В их беседе было подтверждено то, что Азербайджан и Эстония проводят политику, соответствующую позициям обеих сторон. Президент Азербайджана Гейдар Алиев дал информацию Тоомасу Хендрику Илвесу об армяно-азербайджанском нагорно-карабахском конфликте.

Гейдар Алиев заявил, что в политике интеграции в европейские структуры будет использована практика Эстонии.

В соответствии с этим мнением, Министерство иностранных дел Эстонии вместе с Министерством здравоохранения Азербайджана организовало семинар на тему о реформах этой страны в этой сфере.

Министр народонаселения Эстонии, посетивший Азербайджан в июне 2004 года, заявил о том, что страна, которую он представляет, поддерживает территориальную целостность Азербайджана. Он заявил, что Эстония готова оказать содействие Азербайджану в нагорно-карабахском конфликте. (http://www.bizimasr.media-az.com/)