İlham Əliyev YAP-ın I qurultayında (1999) partiya sədrinin müavini, II qurultayında (2001) isə birinci müavini seçilib. Bu mühüm vəzifənin öhdəsindən layiqincə gələn İlham Əliyev əhalinin geniş kütlələrinin Yeni Azərbaycanın quruculuğuna səfərbər olunmasında olduqca səmərəli fəaliyyət göstərib. 2000-ci ilin parlament seçkilərində YAP-ın seçki kampaniyasına İlham Əliyev başçılıq edib. Məhz onun rəhbərliyi ilə YAP həmin seçkilərdə parlaq qələbə çalıb və Milli Məclisdə böyük əksəriyyəti qazanıb.

2003-cü il və 2008-ci il prezident seçkilərində YAP-ın namizədi kimi qələbə qazanıb.

“Böyük liderin 90 anı”, Heydər Əliyev irsini Araşdırma Mərkəzi, “Şərq-Qərb”, Bakı-2013, s.166