Azərbaycanla Yunanıstan arasında diplomatik münasibətlər 1992-ci ilin aprelində yaradılıb. Yunanıstanın Azərbaycandakı səfirliyi 1993-cü ilin mayın 27-də fəaliyyətə başlayıb, Azərbaycanın Yunanıstandakı səfirliyi isə 2004-cü ilin aprelin 16-da təsis olunub. 1994-2004-cü illərdə iki ölkə arasında iqtisadi, sənaye, texnologiya, enerji, elm, təhsil, mədəniyyət, nəqliyyat, investisiyaların qorunması, gömrük sahələrində sazişlər imzalanıb.

Müxtəlif dövrlərdə Azərbaycanda səfərdə olmuş yunan nazirləri Ermənistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsində BMT qətnamələrinin yerinə yetirilməsini, istənilən ölkə ərazisinin işğal olunmasına qarşı çıxdıqlarını biildiriblər. 2000-ci il noyabrın 10-da xidmət müddətinin başa çatması ilə əlaqədar Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyevlə son görüşündə Yunanıstanın Azərbaycandakı səfiri Georgios Zois həmin fikirləri təsdiqləyib. O, həmçinin Heydər Əliyevə Azərbaycanda nəzərəçarpacaq inkişaf getdiyini bildirib və Azərbaycanın Avropa Şurasına daxil olmağa tam hazır olduğunu bəyan edib. Yunan diplomatı həmin görüşdə siyasi xadim kimi Heydər Əliyev haqqında yüksək fikirlər söyləyib.

Yunanıstan - Azərbaycan münasibətləri Qara Dəniz İqtisadi Əməkdaşlıq Təşkilatı, Avropa İttifaqında da inkişaf edir.

Azərbaycan - Yunanıstan münasibətlərinin göstəricisi olaraq Yunanıstan prezidenti Konstantinos Stefanopulos 2004-cü iyunun 20-22-də Azərbaycana rəsmi səfərə gəlib. İyunun 21-də Azərbaycan prezidenti İlham Əliyev və Yunanıstan prezidenti Konstantinos Stefanopulos təkbətək və geniş tərkibdə görüş keçirib. Həmin gün Yunanıstan prezidentinə Bakı Slavyan Universitetinin fəxri doktoru adı verilib, həmçinin, prezident müasir yunan dili və mədəniyyəti mərkəzinin açılışında iştirak edib. Yunanıstan prezidentinin səfəri zamanı iki ölkə arasında Azərbaycan Respublikası hökuməti və Yunanıstan Respublikası hökuməti arasında sərmayələrin qarşılıqlı təşviqi və qorunması haqqında, beynəlxalq avtomobil daşınmaları haqqında, gömrük işi sahəsində Sazişlər imzalanıb. 

2004-cü il avqustun 12-16-da Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev Afinada keçirilən XXVII Yaya Olimpiya oyunlarının açılış mərasimində iştirak etmək üçün Yunanıstana yola düşüb. Avqustun 13-də Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev və xanımı Mehriban Əliyeva mərasimə gəlmiş 120 ölkənin dövlət və hökumət başçılarının şərəfinə Yunanıstan Prezidenti Konstantinos Stefanopulosun adından təşkil edilmiş ziyafətdə iştirak ediblər. Avqustun 15-də XXVIII Yay Olimpiya oyunları çərçivəsində "Azərbaycan günü" keçirilib. İlham Əliyev avqustun 16-da Yunanıstanın Baş naziri K. Karamanlislə görüşüb. Görüşdə Azərbaycan - Yunanıstan münasibətlərinin hazırkı vəziyyətinə toxunan İlham Əliyev iqtisadi əlaqələrin, o cümlədən enerji və digər sahələrdə əməkdaşlığın ugurlu inkişaf etməsindən məmnunluğunu bildirib. 

2008-ci il avqustun 9-da Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev Yunanıstanın inkişaf naziri Xristos Foliasın başçılıq etdiyi nümayəndə heyətini qəbul edib. Xristos Folias "Azərbaycan və Türkmənistanın neft və qaz potensialı: energetika, iqtisadiyyat, ekologiya: əməkdaşlığın strategiyası" mövzusunda keçirilən konfransda iştirak etmək üçün Bakıya səfər etdiyiini deyib və tədbirin yüksək səviyyədə təşkil edildiyini vurğulayıb. Nazir iki ölkə arasında iqtisadi əlaqələrin uğurla inkişaf etdiyini bildirib. Prezident İlham Əliyev Azərbaycanla Yunanıstan arasında əməkdaşlığın müxtəlif sahələrdə, o cümlədən iqtisadi, enerji və digər sahələrdə genişləndiyini qeyd edib. Dövlət başçısı Yunanıstanın inkişaf nazirinin Azərbaycana səfərinin bu əlaqələrin daha da möhkəmləndirilməsinə xidmət edəcəyini bildirib.

Tarixi arayış 11 sentyabr 2008-ci ildə yeniləşdirilib.