Azərbaycanla Qırğızıstan arasında diplomatik münasibətlər 1993-cü ilin yanvarında qurulub. Lakin bu əlaqələr ilk vaxtlar özünün intensivliyi ilə seçilməyib. Müstəqilliyin ilk illərində Azərbaycan-Qırğızıstan əlaqələri Mərkəzi Asiyanın digər türk dövlətləri ilə olduğu kimi, əsasən, çoxtərəfli əməkdaşlıq formasında, beynəlxalq və regional təşkilatların işində əməkdaşlıq çərçivəsində həyata keçirilib.

1993-cü ilin dekabrında Türkmənistanda MDB Dövlət Başçıları Şurasının iclası zamanı Azərbaycan Prezidenti Heydər Əliyevlə Qırğızıstan Prezidenti Əsgər Akayevin ikitərəfli görüşü keçirilib. Görüş zamanı iki ölkə arasında ikitərəfli münasibətləri möhkəmlətmək üçün ənənələrin, mədəniyyətin, dinin ümumiliyi, dil yaxınlığı kimi möhkəm bünövrənin olduğu vurğulanıb.

Azərbaycan Prezidenti Heydər Əliyev 1995-ci ilin avqustunda Türkdilli Dövlət Başçılarının üçüncü sammitində iştirak etmək üçün Qırğızıstana gedib. Ölkə başçısı Qırğızıstan Prezidenti Əsgər Akayevlə görüşüb. Söhbət zamanı iki dövlət arasında əlaqələrin daha da inkişaf etdirilməsi ilə bağlı məsələlərin müzakirəsinə ciddi ehtiyac olduğu bildirilib. Görüşdə həmçinin, Ermənistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsinin sülh yolu ilə aradan qaldırılması ilə əlaqədar aparılan danışıqlardan da geniş bəhs edilib. Səfər çərçivəsində Heydər Əliyev Bişkekdə Manas dastanının 1000 illik yubileyinə həsr edilmiş bayram tədbirlərində iştirak edib.(http://www.azerbaijan.news.az/)

1997-ci il aprelin 23-də Qırğızıstan Prezidenti Əsgər Akayev Azərbaycan Prezidenti Heydər Əliyevin dəvəti ilə Azərbaycana rəsmi səfərə gəlib. Azərbaycanla Qırğızıstanın baxışları və mövqelərinin üst-üstə düşdüyünü və bunun dövlətlər arasında münasibətlərin gələcək inkişafı üçün əsas və etibarlı təminat olduğunu qeyd edən Azərbaycan prezidenti Azərbaycanın bundan sonra da Qırğızıstan üçün çox etibarlı tərəfdaş olacağını bildirib. Qırğızıstan prezidentinin səfəri zamanı müxtəlif sahələri əhatə edən 14 sənəd, o cümlədən, Azərbaycan Respublikası və Qırğızıstan Respublikası arasında dostluq və əməkdaşlıq haqqında Müqavilə imzalanıb. (http://www.mfa.gov.az/)

1998-ci il sentyabrın 7-8-də Bakıda keçirilən TRACECA proqramı çərçivəsində Tarixi İpək yolunun bərpası üzrə Beynəlxalq Konfransın işində Qırğızıstan Prezidenti Əsgər Akayev də iştirak edib və əsas sənədi imzalayıb. Bundan başqa, Əsgər Akayev 2000-ci ilin aprelin 8-9-da Türkdilli Dövlət Başçılarının Bakıda keçirilmiş VI Zirvə görüşündə və "Kitabi-Dədə Qorqud" dastanının 1300 illik yubiley tədbirlərində iştirak edib.

2003-cü il yanvarın 16-da Azərbaycan Prezidenti Heydər Əliyev Qırğızıstan Prezidenti Əsgər Akayevə iki ölkə arasında diplomatik münasibətlərin qurulmasının 10 illiyi ilə bağlı təbrik məktubu göndərib. Məktubunda prezident müstəqillik əldə etdikdən sonra iki xalq arasında tarixən mövcud olmuş dostluq və əməkdaşlıq münasibətlərinin inkişafı üçün geniş imkanlar açıldığını qeyd edib və bu əlaqələrin bundan sonra da davam etdiriləcəyinə və iki xalqın rifahına, ölkələrin tərəqqisinə xidmət edəcəyinə əminliyini bildirib.(http://www.azerbaijanvision.com/)

Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev də müxtəlif vaxtlarda Qırğızıstan prezidenti, dövlət və hökumət nümayəndələri ilə görüşlər keçirib. 2003-cü il dekabrın 11-də Cenevrədə keçirilən İnformasiya Cəmiyyəti üzrə Dünya Sammitinin işi zamanı İlham Əliyev və Əsgər Akayev arasında görüş keçirib. Görüşdə iki ölkə arasında əlaqələrin inkişaf perspektivləri müzakirə olunub. 2006-cı il martın 15-də isə İlham Əliyev Qırğızıstanın Dövlət katibini qəbul edib.

Qırğızıstan Ermənistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsində Azərbaycanın ədalətli mövqeyini dəstəkləyir. Bu dövlət münaqişənin həlli üçün müəyyən dövrlərdə fəallıq göstərməyə çalışıb. Belə ki, 1994-cü ilin may ayında MDB-nin vasitəçiliyi ilə Ermənistanla Azərbaycan arasında atəşkəs haqqında müqavilə Bişkek şəhərində imzalanıb və bu müqavilənin imzalanmasında Qırğızıstan Ali Sovetinin sədri M. Şerimkulov xüsusi fəallıq göstərib. (http://www.azerbaijanvision.com/)

Ermənistana münasibətdə Qırğızıstanda yol verilmiş insident Azərbaycanda narahatlıqla qarşılandı. Azərbaycan ərazilərinə hərbi təcavüz etmiş Ermənistana Qırğızıstan tərəfin hərbi sursat satması haqqında məsələ diqqəti cəlb etmişdi. Aparılan araşdırmalardan sonra Qırğızıstan tərəfi bildirmişdi ki, belə bir fakt həqiqətən mövcuddur, lakin bu dövlət səviyyəsində baş vermiş bir iş deyil, özəl bir şirkətin ticarət fəaliyyətinin nəticəsidir.

Qırğızıstanda minlərlə soydaşımız yaşayır. Onlar əsasən, Bişkek, Talas, Qara-Balta şəhərlərində yaşayırlar. Öz tarixi yurdlarından ayrı yaşamalarına baxmayaraq, Qırğızıstanda yaşayan azərbaycanlılar dil və adətlərini qoruyub saxlayıblar.

Tarixi arayış 19 dekabr 2007-ci ildə tərtib edilib.