Azərbaycanla Yunanıstan arasında diplomatik münasibətlər 1992-ci ilin aprelində yaradılıb. Yunanıstanın Azərbaycandakı səfirliyi 1993-cü il mayın 27-də, Azərbaycanın Yunanıstandakı səfirliyi isə 2004-cü il aprelin 16-da fəaliyyətə başlayıb.

1994-2004-cü illərdə iki ölkə arasında iqtisadi, sənaye, texnologiya, enerji, elm, təhsil, mədəniyyət, nəqliyyat, investisiyaların qorunması, gömrük sahələrində sazişlər imzalanıb.

Müxtəlif dövrlərdə Azərbaycanda səfərdə olmuş Yunanıstan nazirləri Ermənistan-Azərbaycan Dağlıq Qarabağ münaqişəsində BMT qətnamələrinin yerinə yetirilməsini, istənilən ölkə ərazisinin işğal olunmasına qarşı çıxdıqlarını bildiriblər.

Yunanıstan - Azərbaycan münasibətləri Qara Dəniz İqtisadi Əməkdaşlıq Təşkilatı, Avropa İttifaqında da inkişaf edir.

18 iyun 2003-cü ildə Azərbaycan Prezidenti Heydər Əliyev Yunanıstanın xarici işlər nazirinin müavini İoannis Maqriotisi qəbul edib. Söhbət zamanı Heydər Əliyev qeyd edib ki, Yunanıstanın Avropa Birliyinə sədrlik etdiyi dövrdə Qafqaz ölkələri, o cümlədən Azərbaycanla çox səmərəli əlaqələr yaradıb. Qafqaz ölkələrində, o cümlədən Azərbaycanda geniş fəaliyyət göstərməyi yüksək qiymətləndirən Heydər Əliyev bütün sahələrdə bundan sonra da əməkdaşlıq etməyə hazır olduğunu bildirib. İoannis Maqriotis isə çıxışında bildirib ki: "Cənab Prezident, Sizin bildiyiniz kimi, Yunanıstan Avropa Birliyinə sədrlik etdiyi dövrdə, ilk dəfə olaraq, Qafqaz ölkələri məsələsini Avropa Birliyinin gündəliyinə çıxarıb. Baxmayaraq ki, bu müddət ərzində İraqda baş vermiş münaqişə çoxlu vaxt aparıb, işimizin dinamikasına təsir göstərib, ancaq biz hesab edirik ki, ötən dövrdə bir sıra işlər görülüb. Sizin nəzərinizə çatdırmaq istəyirəm ki, Cənubi Qafqaz ölkələrinə Avropa Birliyinin xüsusi nümayəndəsi təyin olunması bizim sədrliyimiz dövründə baş verib".

İlham Əliyev Prezident seçildikdən sonra Azərbaycan-Yunanıstan əlaqələrinin inkişafı daha da sürətlənib. Azərbaycan-Yunanıstan münasibətlərinin göstəricisi olaraq Yunanıstan prezidenti Konstantinos Stefanopulos 2004-cü il iyunun 20-22-də Azərbaycana rəsmi səfərə gəlib. Rəsmi qarşılanma mərasimindən sonra Prezident sarayında Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevin və Yunanıstan Prezidenti Konstantinos Stefanopulosun təkbətək görüşü olub. Prezident İlham Əliyev ali qonağı səmimiyyətlə salamlayaraq, onun ölkəmizə səfərinin ikitərəfli əlaqələrin daha da dərinləşməsində yeni mərhələ olacağını vurğulayıb. İlham Əliyev bildirib ki, o, Azərbaycan-Yunanıstan münasibətlərinin inkişafı sahəsində ümummilli liderimiz Heydər Əliyevin siyasətini davam etdirəcəkdir.

Azərbaycana rəsmi səfərə dəvətə və yüksək qonaqpərvərliyə görə dövlətimizin başçısına təşəkkür edən Yunanıstan Prezidenti Konstantinos Stefanopulos ikitərəfli əlaqələrin möhkəmləndirilməsi və ölkələrimiz arasında daha geniş əməkdaşlığa nail olmaq üçün imkanlar olduğunu söyləyib.

Həmin gün Yunanıstan prezidentinə Bakı Slavyan Universitetinin fəxri doktoru adı verilib, həmçinin, prezident müasir yunan dili və mədəniyyəti mərkəzinin açılışında iştirak edib. Yunanıstan prezidentinin səfəri zamanı Azərbaycan Respublikası hökuməti və Yunanıstan Respublikası hökuməti arasında sərmayələrin qarşılıqlı təşviqi və qorunması, beynəlxalq avtomobil daşınmaları və gömrük işi sahəsində qarşılıqlı yardım haqqında sazişlər imzalanıb.

2004-cü il avqustun 12-19-da Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev Afinada keçirilən XXVIII Yay Olimpiya oyunlarının açılış mərasimində iştirak etmək üçün Yunanıstana səfər edib. Avqustun 13-də Azərbaycan Respublikasının Prezidenti İlham Əliyev və xanımı Mehriban Əliyeva mərasimə gəlmiş 120 ölkənin dövlət və hökumət başçılarının şərəfinə Yunanıstan Prezidenti Konstantinos Stefanopulosun adından təşkil edilmiş ziyafətdə iştirak ediblər. Avqustun 15-də XXVIII Yay Olimpiya oyunları çərçivəsində "Azərbaycan günü" keçirilib. İlham Əliyev avqustun 16-da Yunanıstanın Baş naziri K. Karamanlislə görüşüb. Görüşdə Azərbaycan - Yunanıstan münasibətlərinin hazırkı vəziyyətinə toxunan İlham Əliyev iqtisadi əlaqələrin, o cümlədən enerji və digər sahələrdə əməkdaşlığın uğurlu inkişaf etməsindən məmnunluğunu bildirib.

Afinada səfərdə olan Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev avqustun 18-də Yunanıstanın turizm naziri Dimitris Avramopulos ilə görüşüb. Səmimi şəraitdə keçən söhbət zamanı Azərbaycan Prezidenti Afinada XXVIII Yay Olimpiya oyunlarının yüksək səviyyədə təşkil edildiyini bildirərək, bu məsul işdə Yunanıstan hökumətinin səmərəli fəaliyyətini vurğulayıb. Ölkələrimiz arasında ikitərəfli münasibətlərdən söhbət açan Prezident İlham Əliyev iqtisadi əlaqələrin inkişaf etdirilməsinin zəruriliyini bildirib. Turizm sahəsində geniş imkanları olan Yunanıstanın bu perspektivli sahədə respublikamızla əməkdaşlığını xatırladan dövlətimizin başçısı ümidvar olduğunu bildirib ki, tezliklə Azərbaycan da dünyanın inkişaf etmiş turizm ölkələrindən birinə çevriləcəkdir.

Cənab Avramopulos Azərbaycanda idman və turizmin inkişafına dövlət səviyyəsində göstərilən qayğını yüksək qiymətləndirib. Yunanıstan naziri Dünya Turizm Təşkilatının son vaxtlar Azərbaycana marağının artdığını da xüsusi vurğulayıb.

16-18 fevral 2009-cu il tarixində Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev yenidən Yunanıstanda səfərdə olub. Səfərin birinci günü Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyevin və Yunanıstan Prezidenti Karolos Papulyasla görüşüb. Görüşdə ölkələrimiz arasında siyasi, iqtisadi, enerji sahələrində əlaqələrin inkişafından məmnunluq ifadə olunub və bu səfərin qarşılıqlı əlaqələrin genişlənməsi baxımından əhəmiyyəti vurğulanıb.

Geniş tərkibdə görüşdən sonra Prezidentlər İlham Əliyevin və Karolos Papulyasın iştirakı ilə Azərbaycan-Yunanıstan sənədlərinin imzalanma mərasimi olub. Mərasimdə Azərbaycan Respublikası Hökuməti və Yunanıstan Respublikası Hökuməti arasında gəlirlərə və əmlaka görə vergilərə münasibətdə ikiqat vergitutmanın aradan qaldırılması haqqında konvensiya, hava əlaqələri haqqında saziş, informasiya və kommunikasiya texnologiyaları sahəsində əməkdaşlıq haqqında saziş, Azərbaycan Respublikası Sənaye və Energetika Nazirliyi və Yunanıstan Respublikasının İnkişaf Nazirliyi arasında bərpa olunan enerji ehtiyatları və enerji səmərəliliyi sahəsində anlaşma memorandumu imzalanıb.

17 fevral 2009-cu ildə Prezident İlham Əliyev Afinada Azərbaycan-Yunanıstan biznes forumunda iştirak edib. Afinada "İşgüzar əməkdaşlığın imkanları" mövzusunda Azərbaycan-Yunanıstan biznes forumu keçirilib. Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev və Yunanıstan Prezidenti Karolos Papulyas, bu ölkənin Baş naziri Kostas Karamanlis biznes forumun açılışında iştirak ediblər.

Azərbaycan Prezidenti biznes forumda çıxış edib. Biznes forumunda hər iki ölkədə biznes imkanlarına və sərmayə mühitinə dair təqdimatlar, şirkətlərin nümayəndələri arasında ikitərəfli görüşlər keçirilib.

Həmin gün Prezident İlham Əliyev Afinada Yunanıstan Baş naziri Kostas Karamanlis ilə görüşüb. Görüşdə iki ölkə arasında əlaqələrin genişlənməsindən məmnunluq ifadə olunub, iqtisadi sahədə, xüsusilə də, enerji sahəsində əməkdaşlığın əhəmiyyəti vurğulanıb. Azərbaycan Prezidentinin Yunanıstana dövlət səfərinin qarşılıqlı əlaqələrin genişlənməsi baxımından əhəmiyyəti qeyd olunub. Bildirilib ki, Azərbaycan-Yunanıstan biznes forumu konkret sahələrdə işgüzar əlaqələrin yaranmasına kömək edəcəkdir. İki ölkə arasında imzalanmış sənədlərin iqtisadi və digər sahələrdə əməkdaşlıq üçün hüquqi baza yaratdığı vurğulanıb. Görüşdə qarşılıqlı əlaqələrin bundan sonra da genişlənəcəyinə əminlik ifadə olunub.

Ümumi tarixi arayış 28 sentyabr 2009-cu ildə tərtib edilib.